Internazionale heeft zich woensdag gemeld bij Ajax om Jan Vertonghen over te nemen. De Milanezen moesten echter met een duidelijke 'nee' genoegen nemen. Ajax wilde 'de Vlaamse Amsterdammer' niet op het allerlaatste moment van de transfermarkt nog laten gaan. Vertonghen had hier begrip voor, hij wilde alleen maar vertrekken uit de hoofdstad met een goed gevoel.
Vertonghen maakte afgelopen seizoenen veel indruk bij de Amsterdammers. Hij was een rots in de branding volgens sommigen, en hij scoorde in 32 wedstrijden zes keer. Het jeugdproduct van Germinal Beerschot maakte het in het begin van dit seizoen zelfs tot aanvoerder. Hij nam de band over van de naar AS Roma vertrokken Maarten Stekelenburg.
Vertonghen kwam bij Ajax via Germinal Beerschot, en werd daar verhuurd aan RKC Waalwijk om ervaring op te doen. Bij RKC scoorde hij een goal tegen Ajax. Uiteindelijk had Ajax dat seizoen een doelpunt teveel tegen gekregen om kampioen te worden. Hij maakte zijn debuut voor het Belgisch nationale team op 16 mei 2007, tegen Portugal.